Dexter Morgan is op de afdeling moordzaken bij de politie in Miami werkzaam als forensisch onderzoeker (bloedpatroonanalist), maar leidt een dubbelleven als seriemoordenaar. Als 3-jarig kind verloor hij op traumatische wijze zijn ouders en werd hij geadopteerd door Harry Morgan, die als politieagent al gauw ontdekte dat Dexter sociopathische neigingen heeft. In plaats van hulp te zoeken, besloot hij zijn stiefzoon te leren hoe hij niet gepakt kan worden en stelde hij een code in: Dexter mag alleen de allerslechtsten op aarde vermoorden, zoals verkrachters en moordenaars die door de mazen van de wet glippen en op vrije voeten rondlopen.

Van Harry heeft Dexter geleerd hoe hij zijn onweerstaanbare drang tot moorden kan kanaliseren en zich in het dagelijkse leven normaal moet gedragen. In seizoen 2 begint Dexter, ondanks het feit dat hij doorgaat met op zijn verknipte manier voor eigen rechter te spelen, te twijfelen aan zijn geschiktheid om te moorden. Bovendien wordt hij achtervolgd door zijn gruwelijke verleden. Als er sporen van zijn nachtelijke activiteiten boven water komen en de FBI wordt ingeschakeld om de nieuwe seriemoordenaar genaamd de 'Bay Harbor Butcher' te vangen, zit Dexter tot zijn nek in de moeilijkheden. Het net lijkt zich te sluiten, er zijn steeds meer vragen en hij krijgt geen tijd om op adem te komen. Kan hij doorgaan met moorden, of zal Dexters duistere verleden eindelijk achterhaald worden?